Jean-Paul Montagnier a étudié au Conservatoire National de Région de Lyon (harmonie, contrepoint, solfège, histoire, analyse), puis au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris (histoire, analyse) avant de soutenir une thèse de doctorat à Duke University (1994). Il est actuellement professeur de musicologie à l’Université de Lorraine (Nancy) et Adjunct Professor à McGill University (Montréal). Il est membre de la commission Musica Gallica qui aide à la publication du patrimoine musical français, et membre du comité éditorial des Œuvres complètes de Jean-Baptiste Lully publié par Olms (Allemagne). Il a été fait Officier de l’Ordre des Arts et des Lettres par le gouvernement français en 2012. En plus de plusieurs livres et chapitres de collectifs, il a édité de nombreux fac-similés et partitions. Il est régulièrement invité à enseigner et prononcer des conférences dans les universités nord-américaines et européennes.